首都医学科学创新中心医学质谱平台致力于为用户提供基于质谱的技术服务，提供从样品前处理、上机检测和数据解析的完整服务。根据用户的个性化需求，平台积极与用户合作，开发新的质谱检测方法，以解决挑战性的科学问题。

· 蛋白胶条鉴定

· 蛋白修饰鉴定

· 完整蛋白质量测定

· 亲和纯化质谱

· 临近标记质谱

· DIA定量蛋白组

· 标记定量蛋白组

· 微量样品蛋白组

· 分泌蛋白组

· 磷酸化组学

· 氧化修饰组学

· 泛素化修饰组

· 糖基化修饰

· 交联质谱

· 热稳定蛋白组

· 靶向代谢物定量

· 靶向通路定量

Proteome Discoverer是一款为蛋白质研究领域设计的综合分析工具，提供定制化工作流程。该软件可支持多种工作流程，包括肽和蛋白质的鉴定、翻译后修饰分析、同位素标记以及无标记定量。软件能够处理来自多种数据获取方法的数据，包括数据独立获取（Data-Independent Acquisition, DIA）、依赖性数据获取（Data-Dependent Acquisition, DDA）和宽窗口获取（Wide Window Acquisition, WWA）。

Compound Discoverer软件是一款用于代谢物分析的软件。该软件能够自动使用多数据库和谱图库进行搜索以鉴定化合物。软件支持搜索DDA和DIA采集的质谱数据。软件支持自定义工作流程、灵活可视化、分组工具和交互式链接显示来控制数据处理。

PEAKS Studio是一个基于蛋白质质谱数据的一站式软件分析平台，其能够完整地进行从发现目标蛋白开始的蛋白质组分析流程，包括蛋白鉴定及定量、翻译后修饰（PTM）和序列变体（突变）分析以及肽段/蛋白从头测序。

LipidSearch软件是自动脂质鉴定软件，提供了独特的算法和先进的技术，旨在为用户提供自动化优势，对于各种复杂的数据和生物样本带来准确、自动的鉴定。LipidSearch软件可处理LC-MS数据，包括由Orbitrap质谱仪生成的高分辨率精确质量数据，从而提供准确的脂质鉴别、相对定量测定和结果可视化。

平台鼓励用户于质谱实验设计伊始，主动与平台工作人员沟通。平台团队会依据质谱实验特性，协助用户精心规划实验方案，涵盖合理选定样品类型、优化样品前处理流程，以及依据实验目的匹配合适的样品分析方法等方面。通过前期的深度介入，为实验推进筑牢根基，提升实验成功率。

针对部分不属于传统质谱平台常规服务范畴的实验项目，例如罕见翻译后修饰分析等尚无成熟方案的领域，平台秉持开放创新理念，积极推动实验室人员与平台团队协同研讨，从实验思路的构思直至测试样品的准备，携手开展新实验方法的研发，共同攻克科学研究中的难题。

本平台为质谱实验提供贯穿全流程的技术保障。从前期实验设计，到实验过程中的技术答疑，再到实验结束后的数据分析与解读，平台团队全力为用户提供全方位、高品质的技术支持服务，助力用户充分挖掘质谱实验的科研价值。